Estudio de la obra, el árbol de la ciencia. Fue escrita en 1911, la tercera de la trilogía, La raza, junto con, la dama errante y la ciudad de la niebla. El árbol de la ciencia según el propio autor, es entre sus novelas filosóficas la mejor, la más destacada y completa, recoge las inquietudes científicas, filosóficas y políticas de la época, crítica a las clases superiores, al clero, y la pasividad de las clases bajas, los sometidos. Contiene muchos elementos biográficos, sobretodo de la época de juventud del autor, estos elementos también están plasmados en sus memorias. Lo sucedido en la obra se sitúa en la última década del siglo XIX, los mismos años en los que fue estudiante de medicina y médico rural. Las etapas del itinerario del protagonista coinciden con etapas de la vida del autor: Vida de estudiante Viaje a Valencia y Burjastup, muerte de su hermano Darío. Etapa como médico rural en un pequeño pueblo. Regreso a Madrid. En la obra desarrolla la vida de Andrés Hurtado, en un mundo absurdo en el que vive perdido en medio de una sucesión de desengaños. Vive una continua búsqueda de algo que de sentido a su vida. El ambiente familiar en el que esta, de mucha inestabilidad por las diferentes formas de pensar y creencias, no favorecen su búsqueda del sentido de la vida y esto va a peor al ver que su educación tan poco colma sus ansias. A esto le suma la depresión en la que entra tras su primer contacto con los enfermos al ver sus miserias y la crueldad de sus vidas, estas vivencias lee vuelven más humanitario, políticamente se debate entre un radicalismo revolucionario utópico y el sentimiento de la inanidad de todo. Descubre nuevas lacras, las que rodean a Lulú, la mujer que ocupara un puesto esencial en su vida. La larga enfermedad de su hermano a pesar de su intento de que mejore por medio de la naturaleza no da resultado  por lo que su hermano Luisito muere en Valencia. Esto le conducirá al escepticismo ante la ciencia y a las más negras ideas sobre la vida, todas sus vivencias le llevan a callejones sin salida, el ambiente del pueblo donde ejerce como médico le provoca un malestar físico, considera Madrid como un pantano habitado por la angustia, su pesimismo ante la vida, la sociedad y la política van en aumento. Con su matrimonio con Lulú, consigue alcanzar una paz provisional pero pronto siente una angustia premonitora de la muerte de su mujer y su esperado hijo, y cuando esto sucede, para el todo pierde sentido y se suicida. El argumento central de la novela es la trayectoria vital del protagonista, Andrés. 
Baroja fue criticado por escribir mal, pero en verdad su intención era que la lectura del texto fuera sencilla, que pareciera que no estaba muy trabajado aunque para ello se necesitaba mucha técnica precisión y trabajo. Esto se refleja en su estructura equilibrada La estructura externa de la obra se compone de 7 partes que suman 53 capítulos. En la obra da la impresión de que los capítulos no están enlazados entre ellos, aunque de alguna manera, por medio del entorno o por la mención a algún personaje los relaciona. En la estructura interna de la obra se presentan dos ciclos de la vida del protagonista, separadas por un capítulo intermedio reflexivo, en el que cambia el estilo que había mantenido durante la primera parte de la novela y escribe largos párrafos, expositivos, mediante los que quiere exponer sus creencias filosóficas. Ambos ciclos se componen de un número igual de capítulos y en ellos tienemucha importancia los paralelismos de contenido que se pueden encontrar, por ello se dice que es una novela con mucha técnica, una técnica muy intuitiva pero muy perfecta y sabia, en ella el hilo narrativo va devanándose con libertad. En el primer ciclo, se centra en la vida universitaria de Andrés, en la primera impresión que tiene de Lulú y en como comienza su relación de amistad. En el segundo se centra en el desarrollo de su vida laboral, su vuelta a Madrid, su matrimonio con Lulú y su muerte. El narrador esta en tercera persona, es externo y parcial y puede identificarse con el autor, por ello lo que se describe en la obra está contaminado por el estado de ánimo del personaje. Nos presenta al protagonista, Andrés Hurtado, mediante una técnica de caracterización progresiva, por la que poco a poco a través de sus comportamientos y sus reflexiones se va revelando su forma, Van evolucionando y  adquiriendo espesor humano. Para ello también usa la técnica del contraste, contraponiendo las formas de comportamiento y pensamiento entre el protagonista, Aracil que por su visión realista, materialista, pragmática consigue abrirse camino y progresar, su entorno familiar, por la diferencias políticas entre su padre y el, e Iturrioz, cada uno representa una corriente filosófica diferente. Otro gran protagonista de la obra es Lulú, con la que también utiliza la técnica de caracterización progresiva y de contraste, se le presenta como un personaje de gran humanidad, que vive en un ambiente sórdido, de extrema pobreza, se le compara con su hermana Nini, se le presenta como un producto marchito, pasa de ser un personaje secundario a ser protagonista de la obra. Su relación con Andrés comienza simplemente como simpatía, lastima por su situación y afecto, pero tras su vuelta a Madrid comienza su romance, se casan y se vuelve una esposa abnegada y afectuosa, con el deseo de formar una familia y que tras pequeñas disputas sobre el tema al quedar embaraza muere. Hay muchos personajes secundarios, entre ellos algunos más importantes que otros: alumnos, artistas, chulos de barrio, médicos, practicantes, curas, pueblerinos, familias enteras. Su papel es esencial en la constitución de una atmosfera insustituible. Algunos de los personajes secundarios desaparecen tras ser descritos. Para describir a los personajes secundarios Baroja utiliza la técnica del esbozo o del apunte impresionista mediante el que en lugar de dar una descripción completa se apuntan de manera escueta los rasgos más significativos del personaje. A veces estos rasgos se exageran o ridiculizan mediante la técnica de deformación grotesca, en la que caricaturiza o ridiculiza usando la animalización y cosificación. Baroja adapta el habla de cada personaje a su condición social, usa coloquialismos, jergas, etc. Entre los personajes podemos distinguir dos grupos opuestos: Los explotadores; Don Pedro, los médicos y curas de los hospitales, Julio Aracil, etc. Los oprimidos; por los que siente compasión y ternura. Las Minglanillas, Rafael Villasús y sus hijas, Dorotea, las prostitutas, etc. Tiene una visión darwinista de la sociedad, cree que la vida es una lucha constante, una cacería cruel en la que nos vamos devorando unos a otros. En la descripción de ambientes, hace un relato muy completo de la realidad española. El paisaje adquiere un valor estético. Para ello utiliza la técnica impresionista, en las descripciones da trazos dispersos, impresiones vivísimas, da importancia a las impresiones cromáticas, los efectos de la luz y los sonidos. Mediante la técnica del Lirismo, contamina la descripción de un lugar con su estado de ánimo.  A la hora de describir los ambientes marginales, muestra la crudeza, sátira de ellos pero deja ver su sentimiento de piedad y compasión. Hace un retrato crítico de la realidad de España, situando todo en torno al desastre del 98. Critica a la pobreza cultural del país, hace también una crítica social, mediante el retrato de los aspectos más sombríos y miserables de la sociedad. Mundo urbano, personajes y ambientes, marginales, degradación de la vida sexual, corrupción, etc. Mundo rural, inmovilismo, estancamiento, incultura, caciquismo, etc. Crítica a la injusticia social el protagonista-narrador-autor, denuncia la explotación de las clases pobres y oprimidas. Es una novela filosófica en la que se tratan los temas: Conflictos existenciales (eje de la obra) Dilema entre vida y conocimiento, acción y contemplación. Religión, el protagonista no desarrolla una fe, las considera ficciones. Ciencia, defiende la ciencia como único medio de superar la ignorancia y transformar la sociedad. Visión pesimista de la vida, es un caos absurdo, una fuerza ciega e irracional en la que nos vemos arrastrados por las necesidades y los deseos. La idea darwinista de la sociedad, la vida como una lucha en la que solo sobreviven los mejor adaptados. El mal y la crueldad están muy presentes en la obra. En las definiciones pesimistas que hace de la vida está muy presente la influencia de Schopenhauer. Ante el pesimismo de la vida que muestra Andrés, Iturrioz, propone dos soluciones, la abstención y contemplación indiferente de todo y la acción, limitándonos a un círculo pequeño. La forma de expresión de Baroja es ágil, económica y precisa. Se aleja de un lenguaje colorista y llamativo intencionadamente. Con pocos recursos lingüísticos expresa lo que quiere de forma, clara y precisa. Su estilo descuidado es fruto de una elaboración trabajosa y una técnica muy pensada. El ritmo vivo de la prosa se remansa con tiradas de adjetivos, de complementos y enumeraciones descriptivas. Usa con frecuencia términos científicos y expresiones coloquiales, también la ironía. El árbol de la ciencia, Baroja evidencia una marcada preferencia por el diálogo, mediante el que reproduce todas las peculiaridades lingüísticas del personaje, así nos da información sustancial acerca de ellos. Esta caracterización se produce en dos sentidos: Las palabras constituyen la expresión de sus propias opiniones y vivencias. El modo de hablar del personaje informa sobre su nivel cultural, o procedencia social. En el libro se distinguen: Diálogos coloquiales en los que la información sobre el personaje procede de lo que se dice y de la forma en la que se dice, las diferencias sociales, ideológicas, culturales… y se acentúan y se plasman en su forma de hablar. Estos diálogos se caracterizan por su fragmentarismo, empleo de párrafos muy cortos y frases breves e incisivas, el dialogo fluye de forma natural, los interlocutores lo interrumpen constantemente para hacer comentarios o decir anécdotas aportando amenidad y viveza. Los diálogos de carácter expositivo se caracterizan por su continuidad expositiva, su extensión y coherencia temática.